1) Programación

Difícil de elaborar

Precisan mantenimiento complejo

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2) El elevado coste

En tiempo y dinero para extraer el conocimiento de los especialistas humanos

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3) Poca flexibilidad a cambios

Hay que reprogramar el sistema

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4) Dificultad para manipular información no estructurada

Especialmente la información incompleta, inconsistente o errónea.

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5) Desacuerdo entre los especialistas humanos

En la elaboración del sistema experto, los especialistas humanos pueden estar en desacuerdo entre ellos mismos a la hora de tomar las mejores decisiones para la solución de los problemas particulares.

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6) Problemas que no son resolubles mediante un sistema experto

Para abordar este tipo de problemas difícilmente resolubles mediante los métodos convencionales o mediante sistemas expertos, que por otra parte no son exclusivos del análisis contable se ha propuesto su combinación con otras herramientas de Inteligencia Artificial, como las redes neuronales.